São João da Talha foi até ao século XIV parte integrante da freguesia de Sacavém, sendo referenciada como Sacavém Extra-Muros, ou simplesmente Talha. Reza a lenda que D. Afonso Henriques, deslocando-se para tomar Lisboa, aqui parou e rezou numa velha ermida então existente. Em 1388, D. João I separou as duas freguesias e atribuiu o reguengo de Sacavém Extra-Muros a Nuno Álvares Pereira.
Por um decreto de 26 de Julho de 1896, esta freguesia foi anexa à vizinha Santa Iria de Azóia, permanecendo nela integrada, como simples lugar, até ter sido reconstituída como freguesia em 1939. Em 1989, em virtude do seu elevado crescimento demográfico e económico, o sítio da Bobadela tornou-se uma freguesia autónoma, separando-se assim de São João da Talha.
Por fim, em 1 de Julho de 2003, a Assembleia da República votou favoravelmente a elevação da povoação a vila.
